石山寺二丁目にある。伝えによると、壬申の乱で敗れた大友皇子が現在の石山寺の境内あたりで死んだ。そこで後に皇子と一族をまつるため、三十八社五明神社を死地に建立。新宮神社はその分霊を移したもので、元の社殿を古宮と呼んだ。5月5日には神宮神社の神輿が古宮に渡御する。